博睿勤公司在董事会的领导下，设立了产品与解决方案中心、研发中心、技术支持中心、市场需求中心、营销中心、管理执行中心，并先后成立成都、西安、甘肃、山西、湖南成立了分公司和信息安全研究院。

博睿勤产品与解决方案中心设有产品部，解决方案部，培训部，负责博睿勤加密软件系列产品的研究与设计，为客户提出更具有创新设计的产品，提出更人性化的解决方案。

博睿勤研发中心主要包括北京、成都、西安三大研发基地，主要依托于当地保密研究中心，负责博睿勤保密产品的研发。

博睿勤技术支持中心主要包括售前支持部、产品实施部、客户服务部，主要为客户提供全方位的技术支持工作。

博睿勤市场需求中心包括市场部和市场需求研究中心，主要负责加密行业市场的调研工作和推广工作，从客户深处了解客户的实际需求，为博睿勤产品的设计提供支持。

博睿勤营销中心包括各地办事处、渠道管理部、大客户部、行业销售部分别负责博睿勤产品咨询与销售的服务。

博睿勤管理执行中心主要是包括公司的商务部，人力资源富、行政部、财务部，主要负责公司的日常运行工作。

此外，博睿勤公司先后在成都、西安、甘肃、山西、湖南等全国各地均设有分公司或者驻地办公室，为客户做到第一时间的咨询服务。